Ved å bruke den første sesongen som grunnlag, stuper den andre sesongen av «Hanna» videre inn i de mørke hemmelighetene til Utrax. Sammen med det avslører den også hva den skumle organisasjonen gjør for å manipulere alle tenåringsfangene sine og gjøre dem om til dødelige våpen. Sesong 2 er full av flere avsløringer og en liten varsel for neste potensielle kapittel. Så det sier seg selv - la oss bryte ned alle plottpunktene og slutten av serien nedenfor. (Spoilere fremover)
Etter å ha rømt Utrax anlegg, følger Clara med Hana. Mens de overlever i skogene, prøver tjenestemennene fra Utrax å spore dem opp. I mellomtiden, som avslørt i sesong 1, blir de gjenværende jentene flyttet til et helt nytt anlegg kalt The Meadows. Clara faller senere for en av Utrax sine feller og ender opp med resten av jentene igjen. I mellomtiden tar Marissa Hanna under sine vinger, og i et forsøk på å gjøre opp for sine tidligere forseelser hindrer hun henne i å redde Clara. Likevel klarer Hanna fortsatt å overbevise Marissa om å hjelpe henne med å redde Clara. Som et resultat når de The Meadows for å utføre dette redningsoppdraget.
Men ingenting går som planlagt. Utrax fanger Marissa mens Hanna blir en del av Utrax sitt falske sosiale oppsett på The Meadows. Selv om hun i utgangspunktet gjør motstand, aksepterer hun til slutt The Meadows som sitt nye hjem sammen med Clara og de andre. Snart slås Hanna og Jules sammen og sendes ut på sitt første attentatoppdrag i det virkelige liv. Hanna må nå ta et valg – Vil hun gå lenger bort fra Eriks vei, eller vil hun i all hemmelighet plotte mot Utrax?
På The Meadows blir alle jentene under Utrax sin operasjon plutselig satt fri. I motsetning til deres tidligere medisinske anlegg, gir den nye plasseringen dem fargerike sovesaler, fiktive familier, tilgang til sosiale medier og muligheten til å sosialisere med andre. Men uten at jentene vet det, er alt dette bare et simulert sosialt oppsett for å hjelpe dem å lære mer om å opprettholde i den virkelige verden. Som varslet i forrige sesong, hadde Utrax alltid intensjonen om å sende disse jentene ut i den virkelige verden. Dermed lar det dem målrettet opptre som vanlige tenåringer, siden det igjen vil hjelpe dem å forkle seg som vanlige mennesker i den virkelige verden.
For de fleste jenter får Utrax kontroll over dem ved å erstatte deres tidligere eksisterende ideer rundt familie, religion og venner. Men for Hanna og Clara sliter organisasjonen med å etablere kontroll siden de allerede er klar over at de har mistet familiene sine. Så for dem prøver organisasjonen å fylle gapet i dem som ønsker en familie i stedet for å erstatte den. Og dermed, selv etter å ha visst at faren hennes er død, finner Hanna litt trøst på The Meadows.
Hanna og Jules får tildelt sitt første virkelige oppdrag, der de forventer at Hanna skal bruke erfaringen sin i omverdenen. Når det gjelder Jules, ber Leo henne i all hemmelighet om å holde et øye med Hanna. I følge oppdragserklæringen deres, må de fastslå den sanne identiteten til en varsler ved navn Tacitus og finne ut stedet der han planlegger å møte en London-basert journalist, Nicola Gough. Uttalelsen nevner også at de bare kan få tilgang til Nicola gjennom kona Bethany James, som er professor ved London South Bank University.
Etter å ha gått gjennom Bethany, kommer Hanna endelig i kontakt med Nicola. Hun tar bilder av utdrag fra Nicolas notatbok og sender dem til The Meadows. Etter å ha dekodet disse, utleder Terri at Tacitus er en Barcelona-basert militæradvokat ved navn Robert Gelder. Selv om serien tar seg tid til å avsløre hvorfor John Carmichael ønsker å eliminere Robert Gelder (a.k.a Tacitus), blir det tydelig at Robert har hemmeligheten bak Johns motiver bak Utrax. Robert har til hensikt å avsløre disse hemmelighetene for Nicola slik at hun til slutt kan avsløre sannheten for hele verden.
I Barcelona møter Hanna også Stephen, en mann som jobber for Marissa. Stephen forklarer at det som nå er kjent som Utrax, tidligere besto av en liten splintcellegruppe av nasjonale radikaler innenfor et byrå kalt The Pioneer Group. Han forteller henne at han nå gjenstår å være et av de få medlemmene av gruppen som ikke fulgte feil vei. Og dermed, som Hanna, ønsker han å stoppe Utrax sin første operasjon. Hanna slår seg sammen med Stephen og de to for å stoppe drapet på Robert og Nicola. Uten at de vet det, holder Jules øye med Hanna og finner ut av planen deres.
På grunn av Jules mislykkes Stephens plan for å redde Nicola fra avlytting. For å avbryte den andre siden av oppdraget drar Hanna til Barcelona, hvor Clara og Sandy prøver å avskjære Robert Gelder. Hanna strekker seg til Clara og prøver å overbevise henne om at Utrax ikke har noe godt. Men Clara avviser henne ganske enkelt ved å si at de ikke skal stille spørsmål ved organisasjonen og fokusere på å tjene nasjonen deres. Først når Hanna overbeviser henne om at moren hennes fortsatt er i live, endres Claras syn på oppdraget.
Gjennom Roberts datter Kat, utleder Sandy oppholdsstedet til hotellrommet der Robert bor. Med dette setter Clara og Sandy ut for å utføre sitt siste oppdrag med å drepe advokaten før han avslører Utrax. Clara nøler, men Sandy dekker opp for sine tabber ved å nådeløst drepe Robert. Likevel, før han dør, kommer Robert i kontakt med en journalist ved navn Alba, som samler inn et dokument fra en av de ansatte på hotellet. Dette dokumentet inneholder Utrax sine hemmeligheter.
Etter dette, med all handlingen som følger, dør Alba, men Hanna får tak i dokumentet. Dette dokumentet avslører til slutt at Utrax sin liste over attentatmål består av potensielt innflytelsesrike advokater, aktivister og andre eksperter fra forskjellige felt som senere kan gjøre en forskjell i verden. De fleste som er nevnt i denne mållisten er under 18 år, og alle er under 30. Og det er grunnen til at Utrax eksistens var en hemmelighet hele tiden. De ønsket å eliminere en yngre generasjon ledere uetisk fordi det ville tillate dem å få kontroll over verden. Og selvfølgelig, for et oppdrag som dette, er tenåringsjenter som er hjernevasket hele livet de perfekte kandidatene.
Hele denne tiden var det Johns feil at Robert ble kjent med oppdraget. Som avslørt i et tilbakeblikk, ble John en gang full og fortalte advokaten alt om Utrax sine hemmelige motiver. Men i stedet for å avsløre John, tar Marissa kontroll og utpresser ham til å lede dem til de høyere maktene til The Pioneer Group, som ga ham ordre om å drive Utrax. Avslutningen legger til rette for nok en sesong der Marrissa og Hanna nå skal eliminere de som driver den onde Pioneer Group. Clara vil sannsynligvis ikke bli med dem når hun drar til Egypt for å møte moren sin endelig.