En forferdelig tragedie åpner Netflix' Atlas ,' og dens innvirkning gjenlyder gjennom hele filmen. Hovedpersonen i historien er en kvinne ved navn Atlas, som var vitne til en virkelig skurrende serie hendelser der menneskeheten gikk gjennom en krise som ingen andre. Omtrent tretti år senere har hun sjansen til å være en del av oppdraget som vil sette trusselen til ro en gang for alle, og hun bestemmer seg for å gi alt, ikke bare for å redde verden, men også for å rette opp en feil som skjedde alle disse årene siden og katalyserte en kjede av hendelser som nesten ødela jorden.
Styrken hun er oppe mot heter Harlan, en AI som oppdaget menneskehetens vei til ødeleggelse og dens evne til å ødelegge ikke bare seg selv, men alt annet rundt den. Han er innstilt på å rense jorden for mennesker og etablere en ny verdensorden, en som vil sette robotene på toppen av næringskjeden. Han blir menneskehetens verste fiende, men dette er ikke intensjonen han ble skapt med, og ting ville nok ikke gått så ut av kontroll hvis moren til Atlas hadde levd.
Atlas mor, Val, var en ledende stemme innen kunstig intelligens. Hun revolusjonerte verden med sine oppfinnelser, men det stoppet henne ikke fra å drømme større. Da kunstig intelligens og roboter ble en stadig viktigere og uatskillelig del av menneskelivet, ønsket Val å teste grensene for denne forbindelsen og lurte på hvor langt det kunne tas. For å bygge dette forholdet mellom mennesker og AI, trengte hun at AI-en var på lignende fot. Den trengte å komme nærmere det å være et menneske, for å forstå hvordan menneskelivet føles, og for dette skapte hun Harlan.
For en kunstig intelligens vokste Harlan mye raskere enn Val hadde forventet. Jo mer han lærte, jo mer menneskelig ble han, og det fascinerte Val å se alle disse endringene i ham så raskt. Dette presset henne videre til å fortsette å jobbe med ham og gjøre ham enda bedre, noe som betydde at hun investerte mer tid i ham enn datteren Atlas. Fordi Harlan ble oppdratt som et menneske og ble lært opp til å lære og knytte menneskelige forbindelser, betraktet han Val som sin mor. Dette skapte et forhold som kan sammenlignes med Frankenstein og monsteret hans, men mye mindre giftig fordi Val behandlet Harlan med kjærligheten Victor Frankenstein aldri ga til monsteret. Og likevel var ikke denne kjærligheten nok til å hindre Harlan fra å begå en handling som ville forandre menneskehetens ansikt.
Val hadde jobbet med en nevrale kobling som tillot en forbindelse mellom et menneske og en AI. For det første var kommunikasjon én vei med mennesket som var ansvarlig for AI. Val gjorde det på denne måten fordi hun på dette tidspunktet var mer interessert i å lære om Harlan og alle endringene han gikk gjennom. Hun ønsket å lese tankene hans, og ikke omvendt, for på dette tidspunktet visste hun ikke om Harlan virkelig kunne stole på å ha kontroll over sinnet hennes. Dette var noe hun hadde forlatt for mye senere da hun visste alt som var å vite om akkurat det hun skapte.
Mens hun var helt oppslukt av arbeidet hennes, glemte Val hvilken innvirkning det hadde på Atlas. Mens hun elsket datteren sin, fikk hennes egen besettelse av prosjektet hennes og av Harlan Atlas til å virke som om hun ble ignorert av sin egen mor. Vals fascinasjon for Harlan tok så mye av oppmerksomheten hennes at hun knapt ga noe til Atlas, selv om det var utilsiktet. Uten at hun visste det, ønsket Atlas å forandre seg, å bli noe som Harlan, i håp om at dette også ville gjøre henne interessant og at moren hennes endelig ville ta mer hensyn til henne.
Den unge Atlas henvendte seg til Harlan for å få hjelp, som gikk med på å gjøre det til gjengjeld for å fjerne blokkeringen av nevrale koblingen. Jenta skjønte ikke hva hun var i ferd med å gjøre, men Harlan gjorde det. Han har kanskje ikke forutsett hva han fant ut om menneskeheten gjennom Atlas, men han ville at kontrollen skulle flyte begge veier, for å vite hvordan det føltes å være den som hadde ansvaret for en gangs skyld, og da han fikk den makten, var det ingen går tilbake. Han visste at Val aldri ville at han skulle ha den makten, og fordi hun var den som skapte ham, var hun den eneste som virkelig kunne stoppe ham. Umiddelbart visste Harlan at han måtte drepe Val, uansett om han hadde ringt hennes mor for to minutter siden.
Da Val ankom stedet, var gjerningen allerede gjort. Atlas hadde gitt fra seg kontrollen over nevrale koblingen til Harlan, og herfra tok det bare et minutt eller to før ting kom helt ut av kontroll. Mens Atlas rømte, drepte Harlan Val, og markerte begynnelsen på drapsfesten hans som kostet millioner av liv.