I forskjellige årstider fokuserer Showtimes 'City on the Hill' på forskjellige nabolag i byen 1990-tallets Boston . Den fokuserer også på ulike typer kriminalitet. Den første sesongen er satt i Charlestown og dreier seg om væpnet ran. I sesong 2 flyttes fokuset til Roxbury og narkotikahandelen. I den tredje og inneværende sesongen, det velstående nabolaget av Beacon Hill og sexkriminalitet står i sentrum. I sesong 3 episode 2, med tittelen 'A Program Of Complete Disorder', begynner forfatterne av 'City on a Hill' å sette opp brikkene. Etter at en sørgende Victoria Dryden forsvinner, instruerer faren Sinclair (Corbin Bernsen) Jackie Rohr (Kevin Bacon) om å finne henne. I mellomtiden behandler DeCourcy Ward (Aldis Hodge) begrepet dødelighet siden han fikk vite at faren hans har bestemt seg for å nekte behandling for kreften hans. Jenny får en stygg overraskelse, og splittelsen i Boston Police Department blir tydelig: Her er alt du trenger å vite om slutten av «City on a Hill». SPOILERE FORAN.
Episode 2 begynner når Jackie kjører til arbeidet sitt. 'Ny jobb, ny dag,' sier han til seg selv. Han prøver å finne ut av det hva skjedde egentlig med Dominique ved å besøke rettsmedisineren, men hun forteller ham ingenting. Deretter henvender han seg til to FBI-agenter og hjelper dem med en av hans gamle saker. Som alltid er alt transaksjonelt for Jackie Rohr, og han ser ut til å få informasjonen han søkte i bytte. I mellomtiden stenger Victoria seg inne på rommet sitt før hun flykter med hjelp av kjæresten Moustafa,
Ward er fortsatt hjemme hos faren, og er ikke i stand til å akseptere farens beslutning om ikke å søke behandling. Han har en kamp med broren Louie om sin forkjærlighet for å gå etter politifolk. De blir så høylytte at en irritert Franklin må gripe inn. Han forteller sønnene sine at de er så inne i sine egne verdener at de ikke engang har tenkt på at de begge kan ha rett. Han oppfordrer Louie til å tenke på hele byen og landet, ikke bare sin nærmeste krets, og forstå at det er problemer med etableringen. Franklin vender deretter fokuset mot Ward og forteller ham i grunnen at det er hybris fra hans side å tro at han kan innlede reelle endringer i Boston.
På initiativ der Jenny melder seg frivillig, fortsetter hun å møte Doyle. Som de sier, veien til helvete er brolagt av gode intensjoner. Doyle har ingen anelse om historien mellom Jenny og faren hennes og konkluderer med at Jenny må mangle et godt forhold til mannen. Til Jennys forferdelse dukker Doyle opp på dørstokken hennes med faren en dag. Sistnevnte inviterer seg selv inn og går rundt i Jennys hus som om han eier stedet. Jenny blir sint og angriper ham, og tvinger Doyle til å gripe inn.
I mellomtiden fortsetter Siobhan å slite med traumene hennes mens hun forbereder seg på å ta fatt på det mektige selskapet som driver Big Dig. En natt våkner hun fra et mareritt og prøver å nå ut til Ward for trøst før hun innser at han fortsatt er hjemme hos faren.
Ward prøver en siste gang å endre farens mening om behandling, men igjen nekter Franklin. Franklin Ward dør senere samme natt. Andre steder angriper Chris Caysen Rick Dunleavy.
Victorias oppholdssted blir episodens utbredte mysterium etter at hun rømmer fra hjemmet sitt. I episode 1 voldtok faren hennes venninne Dominique. Minnene om det førte Dominique til selvmord. Jackie vet ikke dette. Han har bare hørt deler av samtalen mellom Victoria og Sinclair, og det har vært nok til å irritere hans gamle FBI-sanser. Når Sinclair ber ham finne Victoria, tror han først at hun må være sammen med kjæresten sin, Moustafa. Jackie besøker gutten på college og truer ham, men får ingenting av betydning, noe som får ham til å innse at Moustafa virkelig elsker Victoria.
Senere, under en samtale med Letitia, innser Jackie at han gjorde en grunnleggende feil i etterforskningen. Dominique var Victorias eneste venn foruten Moustafa. Det er fornuftig at hun vil være i Dominiques leilighet. Og faktisk finner han henne der, og samler bevis mot faren hennes. Jackie bringer både jenta og bevisene, vinflasken som Sinclair tok med seg da han dro for å se Dominique før hennes død, tilbake til arbeidsgiveren sin. Mot slutten av episoden gir Sinclair ham en BMW-bil. Implikasjonen er klar; han vil at Jackie skal opprettholde tausheten.