Hos Takashi Yamazaki Godzilla minus én ,’ publikum blir fraktet til Japan etter andre verdenskrig, fortsatt grublesende fra atombombene, truet av et nytt monster som er i stand til å rasere byer i ett slag. Hovedpersonen i historien er en ung kamikaze-pilot ved navn Kōichi Shikishima, som så vidt overlevde krigen, bare for å lande seg selv midt i ødeleggelsene forårsaket av Godzilla. Med skapningen som blir kraftigere for hvert slag, blir det klart for folket i Tokyo at han må stoppes en gang for alle for at de skal kunne komme tilbake til livene sine og gjenoppbygge landet. Men oppgaven er lettere sagt enn gjort, ettersom Godzillas DNA gjør ham ugjennomtrengelig for døden.
Godzilla er et stort vesen som er i stand til å knuse hele bygninger under føttene hans, men størrelsen hans gjør ham også til et lettere mål og mye lettere å drepe. Og med tanke på alle tingene som har blitt kastet mot ham, fra kuler til atombomber til alle slags andre monstre, ville Godzilla helt sikkert ha dødd hvis det ikke var for en spesiell kraft i hans DNA som gjør ham tilsynelatende uovervinnelig.
Godzilla, som Wolverine fra Marvel-universet, har en eksepsjonell kraft til å helbrede seg selv. Uansett hva som blir kastet på ham, vil skapningens celler regenereres, sårene hans vil leges, og han vil være tilbake på beina igjen. Avhengig av våpenet og alvorlighetsgraden av sårene som er påført ham, kan tidspunktet for regenerering variere, men uansett hva det er, vil Godzilla alltid helbrede og bli god som ny, klar til å rive i stykker fiendene hans eller klemme dem under føttene hans.
Det er denne spesielle kvaliteten som gjør Godzillas celler så spesielle. Kalt G-celler, deres regenererende kraft er fristende nok for forskere å få tak i dem, men det er en annen ting som gjør dem enda mer potente. Fordi Godzilla er radioaktiv, har cellene hans en mutasjonskraft. Dette betyr at de kan føre til skapelse av muterte vesener nærmere ham i størrelse og kraft, og det er dette forskerne utnytter i flere versjoner av historien. I 'Godzilla Minus One' legges det spesielt fokus på hans regenererende evne ettersom de spesielle egenskapene til G-cellene baner vei for fremtidige muligheter, hvorav en antydes i sluttscenen når Shikishima oppdager at Noriko lever og kommer seg etter hennes sår påført av Godzillas ødeleggelse i Tokyo.
Etter å ha krysset veier med Godzilla flere ganger, vet Shikishima at det ikke er lett å drepe skapningen. Ingen dødelige våpen ser ut til å ha evnen til å gjøre det, og de har prøvd alt de kunne. Men Godzilla har lagt krigsskip til øyde og desimert byer med bare ett slag. Hvordan kan enkle våpen og bomber ha noen innvirkning på ham? Shikishima vet dette veldig godt, og han vet også at for å drepe Godzilla, ville han trenge kraften til Godzilla.
I den siste kampen blir Godzilla lokket ut i havet, der planen er å fange ham med sylindre fulle av Freon som ville ta ham til bunnen av havet, hvor trykket fra havet ville drepe ham. Hvis det ikke skjedde, ville de slippe en bøye som ville bringe skapningen til overflaten med en slik hastighet at han ville bli knust av trykket. Planen fungerer nesten helt til Godzilla skjærer seg løs fra bøyen og freonet og er klar til å starte hetebølgen sin på skipene for å ødelegge dem.
Shikishima visste at planen ville mislykkes, men han visste også at den ville irritere Godzilla nok til å få ham til å bruke hetebølgen. Nå vet også mannen at det tar noen sekunder for skaperen å aktivere energien og frigjøre den. Etter å ha forutsett hendelsene, forberedte Shikishima seg til å gjøre noe som bare han kunne. Han ble opplært som kamikazepilot, og mens han slapp unna sin plikt i krigen, visste han at han måtte gå gjennom det denne gangen eller få alle drept av Godzilla. Etter Norikos død på Ginza, er han motivert til å hevne henne og soldatene som ble drept av skapningen på Odo Island.
Som forventet, akkurat når planen mislykkes og Godzilla kommer til overflaten, aktiverer han varmeeksplosjonen. Shikishima, som hadde svevet i nærheten, flyr mot munnen hans. Flyet hans hadde blitt utstyrt med eksplosiver nok til å rasere en by, men Shikishima visste at selv da ville det ikke være nok. Han ville måtte time eksplosjonen deres med Godzillas hetebølge like før den slippes ut. Og så snart han ser beistets hale bli blå av energi, tar han veien mot ham og rekker akkurat i tide til å knuse planen inn i munnen hans. Når flyet eksploderer, blokkeres veien for hetebølgen, og i stedet for å gå ut, blåser den opp inne i munnen hans. Mens de menneskeskapte eksplosivene ikke ville ha hatt noen innvirkning på Godzilla, forårsaker hans egen energi utrolig skade, sprenger hodet hans i stykker og kaster ham i vannet.
Tatt i betraktning slaget han har fått, virker det som om Godzilla er ferdig for godt, men den siste scenen i filmen beveger seg mot bitene av ham som bobler opp og begynner å gro. Dette bekrefter at Godzilla ikke er død ennå. Det kan ta ham mer tid å leges fordi sårene var eksponentielt dødeligere enn det han tidligere har møtt, men han vil til slutt gå på jorden igjen og skape kaos.